În Structura cristalului se înfruntă două moduri diferite de a concepe împlinirea, succesul, fericirea. Jan este un fizician retras la ţară, unde trăieşte împreună cu soţia (Anna), care e profesoară, şi copiii lor. Tihna vieţii lor apare în ochii lui Kawecki, prietenul său din studenţie, o dezertare. Acesta, întors din Statele Unite (unde fusese trimis o vreme, pe linie academică, la Universitatea Harvard), îl vizitează pentru câteva zile (după câţiva ani în care nu s-au mai văzut) cu un scop precis: acela de a-l convinge să se întoarcă în cercetare, la oraş. Este într-un fel de "misiune" trasată de profesorul lor universitar. Zanussi pune faţă în faţă două lumi ireconciliabile: una "patriarhală", "aşezată", apropiată de natură, alta "emancipată", "civilizată", "haotică". Fiecare este, pentru cealaltă, o "irosire", o "eşuare", o "ratare". Noţiunea de "structură a cristalului" este o sintagmă folosită în domeniul tehnic şi se referă la atomii de cristal dispuşi ordonat, simetric, în unităţi strâns legate. Stoicismul lui Jan se aseamănă "ţesăturii" din interiorul unui cristal.
Filmul lui Zanussi este presărat cu numeroase dialoguri pe tema eternităţii, aşa cum a fost ea definită de vechii greci (Platon, Aristotel), de omul medieval (Tomas d'Aquino), de modernitate. "Sedentarul" Jan deplânge faptul că infinitul nu mai reprezintă o pricină de mirare pentru omul contemporan, că a ajuns doar un concept strict matematic. Într-o altă scenă, cei doi amici se plimbă printr-un cimitir. La un moment dat se opresc şi citesc inscripţia gen memento mori de pe o piatră de mormânt: "Am fost cândva ceea ce tu eşti acum. Sunt acum ceea ce vei fi şi tu cândva. Aminteşte-ţi de mine ca să-şi amintească şi de tine cineva." "Idealistul" Jan este pătruns de esenţa acestui adevăr nemuritor, pe când "realistul" Kawecki este interesat să culeagă roadele unei existenţe lejere şi confortabile. Unul consideră publicitatea "lor" (a americanilor) prea agresivă, altul este de părere că "ei" au perfecţionat formele tot mai geometrice ale autoturismelor. Unul vrea să recupereze timpul irosit în van, altul vrea să-şi "trăiască viaţa". Pentru "cosmopolitul" Kawecki pe feţele oamenilor de la ţară nu se poate citi nimic; Jan însă crede că este important "cum citeşti". Unul a rămas credincios idealului din studenţie când citea fascinat despre filosofia numerelor imaginare; celălalt spune că nu are timp să citească nici măcar o treime din bibliografia aferentă specialităţii sale, că omul modern - spre deosebire de omul Renaşterii - este unidimensional.
Excursia de o zi într-un orăşel apropiat întăreşte şi mai pregnant dicotomia sat-oraş, cu ecouri din Aurora lui Murnau (fără expresionismul acelui film magistral), dar şi din Cehov (fără nelipsitul samovar din piesele renumitului dramaturg), unde - pentru spiritele "dinamice", "progresiste" - "nu se întâmplă nimic". Merg la cinema, unde Anna este intrigată de câteva scene explicite de sex - "defecţiune profesională", spune ea. Întorşi în sat, Kawecki susţine pentru localnici o conferinţă pe tema diamantelor artificiale produse de om, care vor fi "la fel de frumoase sau poate mai frumoase ca diamantele naturale". Produsele confecţionate de om, adaugă el vorbind ca pentru sine, întrec în calitate produsele naturale. Jan însă rămâne adeptul nevăzutelor (dar nu mai puţin realelor) cristale bio din sufletul omului.