Desconsiderând utilizarea convenţională a sunetului al cărui scop se identifică în cinematograful mainstream cu acela de a crea o anumită stare sau de a da iluzia realismului, Brakhage a decis ca majoritatea filmelor sale să fie mute. Într-un interviu cu Surajan Ganguly, regizorul spune că filmul este în mod dominant o artă vizuală şi că din punct de vedere estetic necesitatea de a acompania cu muzică filmul este tot atât de stringentă ca necesitatea de a acompania o pictură. Această intuiţie a lui Brakhage despre natura filmului anticipează studiul The Musical Analogy, al lui David Bordwell, care consideră cinematograful asemănător muzicii în ideea în care muzica, asemenea filmului, sunt nişte sisteme care ordonează într-un mod armonic o multitudine de elemente care, la final, rezultă într-un anume ritm. Urmărind această logică în care imaginea şi sunetul sunt două sisteme integrate într-un sistem mai mare numit film, Bordwell remarcă dezechilibrul dintre cele două părţi. Astfel, renunţarea la sunet din filmele lui Brakhage ar putea fi văzută ca o rezolvare a unei probleme intuite de regizor, care însă nu merge atât de departe ca Bordwell în analiza mediumului cinematografic şi a elementelor care îl compun.
În mod bizar, refuzul sunetului nu îl împiedică pe cineastul american să considere că muzica este arta cea mai apropiată de film. Folosind deseori termenul de muzicalitate referitor la filmele sale, Brakhage explică că "pe măsură ce filozofiile mele creative erau tot mai orientate spre cinematograful mut, estetica fotografică şi editarea propriu-zisă a filmelor devenea şi ea tot mai inspirată de muzică". Randolph Jordan explică în articolul Brakhage\'s Silent Legacy for Sound Cinema aparentul paradox printr-un ocol prin teoria despre ritm regăsită în cartea Audio-Vision: Sound on Screen, a teoreticianului de film şi cineastului Michel Chion: "Când un fenomen ritmic ajunge la noi via o anume cale senzorială, această cale, fie ea vizuală sau auditivă, nu reprezintă decât un canal prin care ritmul ajunge la noi. Odată ce este perceptut sezorial de ochi sau urechi, impulsul nervos este transportat la o regiune a creierului conectată la funcţiile motorii, şi abia la acest nivel semnalul este decodat şi interpretat ca ritm". Astfel, spectatorul reuşeşte să înţeleagă muzica, deşi nu o aude.
Revenind înapoi pe firul argumentaţiei la componenta vizuală şi la modalitatea în care Brakhage încearcă să înveţe din nou spectatorul să vadă lumea, să extindă câmpul perceptiv dincolo de modul în care ochiul este antrenat de-a lungul maturizării individului să privească lucrurile înconjurătoare într-o cheie culturală, regizorul include în corolarul percepţiilor vizuale şi imaginile care ne parvin în momentul în care ochii noştri nu sunt deschişi. Practic, noi suntem învăţaţi să numim percepţii vizuale doar senzaţiile produse în urma acţionării asupra aparatului vizual a unor stimuli exteriori. Însă pentru cineastul american, cele mai bune imagini / filme sunt cele care apar în stări hipnagogice, când pleoapa închisă peste globul ocular devine un fel de ecran pe care sunt proiectate puncte nedefinite, culori care apar şi dispar înainte că noi să le putem numi, când fluxul conştiinţei aflate în stare de veghe aduce din memorie şi proiectează pe un ecran mental imagini care se succed atât de rapid, încât pentru a documenta această realitate este nevoie de "o cameră care ar surprinde 1000 de cadre pe secundă". Pentru a înţelege mai bine senzaţia descrisă în rândurile de mai sus, cititorul articolului poate efectua un exerciţiu simplu care îi va demonstra despre ce imagini e vorba: să închidă ochii şi să apese cu podul palmelor globul ocular sau pur şi simplu să se frece la ochi. Stan Brakhage recunoaşte că modalitatea sa de a picta direct pe peliculă (peliculă care în timpul proiecţiei nu se derulează decât 24 de cadre pe secundă!) nu reflectă în mod fidel imaginile pe care le vezi în starea de veghe cu ochii închişi, însă reprezintă o reconstituire simbolică, în limitele mediului cinematografic, a acestui moment. Mai mult, după cum însuşi Brakhage susţine, filmul pictat direct pe peliculă rezolvă problema acurateţii reprezentării întrucât referentul nu mai este unul exterior, ci se concentrează direct pe interioritatea autorului.
În ciuda faptului că filmele sale au la bază o întreagă filosofie despre actul percepţiei, ele nu sunt o simplă demonstraţie, niciun moment al vizionării lor nu pare îmbâcsit din punct de vedere teoretic sau pretenţios, întrucât în spatele filmului se ghiceşte o emoţie autentică. Astfel, după o încercare realizată la mijlocul anilor \'80 de a realiza filme pictate direct pe peliculă (Night Music), Brakhage lucrează în perioada anilor \'\'90 la o serie de filme care trimit cu gândul la pictura expresionistă abstractă a anilor \'50.
Spre exemplu, Rage Net, un film de doar 39 de secunde realizat de Brakhage în anul 1988, este un scurtmetraj profund autobiografic care prezintă într-o formă abstractă asemănătoare tablourilor lui Jackson Pollock frustrarea şi furia regizorului vizavi de divorţul de soţia lui, Jane. Imaginile care conţin culori calde precum roşu aprins şi galben, dar şi non-culori se succed într-un ritm din ce în ce mai rapid până ating un climax, după care revin la ritmul iniţial spre final. Există însă şi un risc în această reprezentare personală asupra furiei; insuficient direcţionat, spectatorul poate supune filmul unor interpretări multiple, foarte variate, care pot să se îndepărteze cu uşurinţă de sensul iniţial pe care regizorul l-a alocat imaginii. În antologia de la Criterion care cuprinde şi acest scurtmetraj, Rage Net este însoţit (ca toate filmele cuprinse în antologie) de un text scris de Brakhage care poate ajuta spectatorul în pecesul decodării. Conştient de multitudinea de interpretări posibile, citatul ales avertizează prin cuvintele regizorului american că "multe dintre lucrurile care s-au spus despre acest film pot fi aici, cu excepţia faptului că <
Glaze of Cathexis, un film din 1990, ilustrează un concept cheie în psihologie care desemnează un ataşament emoţional faţă de o persoană, un obiect sau o idee. Implicit în lucrările de început ale lui Freud, catexisul este procesul care fixează în memorie obiectele psihice şi mecanismele psihice printr-o anume cantitate de energie afectivă. În afara acestui proces, obiectele psihice nu se fixează în memorie. Astfel, catexisul (adică momentul în care sistemul nervos cristalizează obiectul perceput prin simţuri, iar reprezentarea lui este fixată prin faptul că de ea se leagă un ataşament emoţional puternic) este asemănător cinematografului din perspectiva faptului că pelicula la rândul ei fixează forme şi culori înainte inexistente, dar care din acest punct înainte nu mai pot fi confundate cu nimic altceva, ci capătă o existenţă în sine.
Mergând înapoi pe axa cronologică, găsim în filmografia lui Stan Brakhage filme care îmbină materialul filmat cu cel pictat, precum partea a doua a lui Dog Star Man (1964), înregistrată încă din perioada în care s-a născut cel de-al doilea copil al lui regizorului, şi Thigh Line Lyre Triangular (1961) care surprinde naşterea celui de-al treilea copil. Originea ideii de a picta şi de a zgâria pelicula care a surprins cele două evenimente îşi are punctul de pornire în scurtmetrajul despre naşterea primului copil al lui Brakhage, Window Water Baby Moving (1959).
Impulsul de a face filmul despre naşterea primei fiice nu este consecinţa exhibiţionismului lui Brakhage, ci, după cum însuşi regizorul afirmă, vine în urma constatării că singura modalitate prin care el ar fi putut să evite leşinul în timpul naşterii soţiei era să filmeze momentul. Prin faptul că aparatul i-a oferit o ocupaţie care îl distanţa într-o oarecare măsură de eveniment şi îi dădea sentimentul că ceea ce face este să-şi pună în aplicare meseria, imaginile fiind tot timpul filtrate prin lentile, Brakhage mărturiseşte că a fost apt să asiste la naşterea fiicei sale şi să rămână în fiecare secundă alături de soţie.
Conform spuselor regizorului, în timpul filmărilor lui Window Water Baby Moving acesta era conştient de viziunea lui hipnagogică de fiecare dată când clipea sau închidea ochii pentru câteva secunde, dar acele imagini nu au apărut în scurtmetraj. Astfel, începând cu partea a doua a lui Dog Star Man procesul de pictare şi zgâriere al peliculei a venit ca o necesitate firească al cărei scop era acela de a completa golurile filmului anterior care nu reproducea sau amintea în vreun fel de percepţiile hipnagogice pe care autorul le-a trăit în momentul desfăşurării naşterii. Rezultatul l-a surprins plăcut pe regizor care mărturiseşte: "Am fost foarte încântat când am realizat că viziunile mele când ţin ochii închişi se apropie de lucrările pictorilor abstract-expresionişti pe care i-am admirat foarte mult - Pollock sau Rothko."
Astfel ajungem, în logica propusă mai sus, de la filme pictate direct pe peliculă, la scurtmetraje în care pictura este îmbinată cu imagini impresionate pe peliculă, la filme în care imaginea capturată are valoare aproape documentaristică: The Act of Seeing With One's Own Eyes. Această producţie din 1971, al cărei titlu reprezintă traducerea literală a semnificaţiei cuvântului "autopsie" din greacă a fost înregistrată într-o morgă în timpul disecării efective a unor persoane decedate. Prezentat publicului în alb-negru, scurtmetrajul de 32 de minute a fost filmat iniţial color, însă pentru a diminua şocul provocat de imagini, regizorul a ales să facă această modificare ulterioară.
Aceste înregistrări medical-documentaristice care surprind ipostaze ale corpului uman lipsit de viaţă ar putea fi considerate o celebrare a morţii, însă mişcările de apărat, tremurul continuu, hacurile aparatului în momente care pot fi considerate cel puţin şocante fac din The Act of Seeing With One's Own Eyes o celebrare a vieţii care se află în spatele camerei de filmat, viaţă care reacţionează puternic la vederea unui corp uman lipsit de viaţă.
În cartea The Films of Stan Brakhage in the American Tradition of Erza Pund, Gertrude Stein and Charles Olson, de R. Bruce Elder, autorul identifică anumite mecanisme ale distanţării pe care Brakhage le utilizează în aşa fel încât să diminueze efectul şocant al imaginilor asupra spectatorului. Unul dintre ele este reprezentat de corelarea materialului filmat cu ipostaze iconice ale corpului uman din cultura vizuală a omenirii. Astfel, spune Elder, una din imaginile de început ale filmului prezintă corpul unui bărbat întins pe masa de disecţie, surprins însă dintr-un unghi foarte jos, fapt care apropie acest cadru de tradiţia renascentistă a studiilor despre perspectivă. Un alt mecanism de distanţare este apelul constant la încadraturi strânse. În loc să creeze un efect naturalist de mărire până la limita suportabilului, apropierea excesivă devine mai degrabă o abstractizare a realităţii. Astfel, imaginea devine mai uşor digerabilă pentru spectator, care nu este nevoit să se confrunte în fiecare minut cu realismul dur al camerei de autopsie.
Însă pentru a înţelege cu adevărat încercarea regizorului american de a extinde percepţia vizuală dincolo de sine şi de interpretarea culturală pe care o dăm realităţii văzute, regizorul spune că semnătura by Brakhage, aflată spre sfârşitul filmelor realizate de el, nu se referă doar la sine. Astfel, produsul artistic rezultat în urma eforturilor sale de a filma trebuie să fie văzut drept un film adus pe peliculă "prin intermediul lui Stan şi Jane Brakhage", aşa cum s-a întâmplat cu toate filmele regizorului începând cu momentul căsătoriei. Continuând în aceeaşi logică, la un anumit punct în biografia cineastului expresia se va transforma în "prin intermediul lui Stan, Jane şi al copiilor Brakhage", "întrucât toate descoperirile pe care le-am realizat prin intermediul intrumentului numit sine au fost filtrate de sensibilităţile celor pe care îi iubesc." Aşadar, într-o zi, extinzând cercul oamenilor pe care momentan nu-i cunoaşte, dar de care se va lega emoţional într-un la anumit punct al vieţii lui, filtrările se vor ramifica până în momentul în care expresia by Brakhage va fi înţeleasă drept ceea ce reprezintă ea în ultimă instanţă: "prin intermediul tuturor lucrurilor".