Reîntors plin de entuziasm din Spania, unde făcuse studii de film, Guzmán a realizat un documentar, Primer año, despre primele 12 luni de preşedinţie ale lui Allende, documentar pe care însuşi Chris Marker l-a preluat pentru a-l distribui în Franţa. În 1973, Guzmán a documentat ultimele luni ale regimului Allende şi răsturnarea sa printr-o lovitură de stat susţinută de SUA, care l-a adus la putere pe generalul Pinochet. Guzmán şi cameramanul Jorge Müller Silva au filmat intensiv între lunile martie şi septembrie, pe străzi, în fabrici, în universităţi etc., în parte pe peliculă primită de la Marker, nelăsînd să se afle că fac un documentar şi scoţînd materialul afară din ţară pe măsură ce-l filmau. Rezultatul a fost un mare documentar în trei părţi, Bătălia pentru Chile / La batalla de Chile (1975-79), combinaţie de direct cinema şi eseu de analiză politică.
Refugiat în Cuba, iar apoi în Europa, din 1973 (în timp ce cameramanul său dispărea fără urmă în mîinile poliţiei militare a lui Pinochet, unul din miile de asemenea desaparecidos), Guzmán nu s-a restabilit în Chile nici după înlăturarea generalului de la putere, prin vot popular, în 1988. A rămas însă un cronicar cinematografic obstinat al administraţiei Allende şi al crimelor regimului Pinochet.
Filmul său din 2010, Nostalgia luminii / Nostalgia de la luz, a inaugurat o etapă nouă. Subiectul era acelaşi - e subiectul vieţii lui Guzmán -, dar forma se schimbase mult de la Bătălia pentru Chile. Era acum o formă liric-eseistică. Rudele dispăruţilor din epoca Pinochet, care încă mai scormoneau deşertul Atacama după resturi de cadavre, erau comparate cu astronomii şi arheologii din acelaşi deşert. Analogiile dintre activităţile lor mergeau de la faptul că, în fiecare caz - inclusiv la astronomi -, e vorba despre scormonire în trecut, pînă la faptul că atît stelele, cît şi scheletele sînt făcute din calciu. Imageria cu dune şi stele era de o maiestuozitate herzogiană. Comentariul citit pe banda sonoră de Guzmán însuşi era uneori rapsodic. Dar, în pofida imensităţilor în contextul cărora privea de astă dată crimele lui Pinochet, Guzmán avea grijă să nu le diminueze gravitatea. De la marile distanţe spaţiale şi temporale care făceau obiectul exerciţiilor de contemplaţie fascinată ce constituiau o bună parte din acest film, el revenea iar şi iar la ele, la turpitudinile aşternute în regiune precum nisipul, amestecate cu acesta. Straturi de turpitudini - ca să înfiinţeze un lagăr de concentrare în deşert, pentru prizonieri politici, Pinochet n-a trebuit să-l construiască de la zero, ci a folosit o bază minieră abandonată, unde în secolul XIX se muncise în condiţii de cvasi-sclavie. Spre final, Guzmán le aduce într-un observator astronomic din deşert pe două dintre antigonele chiliene care încă n-au renunţat la ambiţia de a-şi îngropa dispăruţii, dar această conectare la imensităţi, formală şi forţată, nu transcende ceea ce tot Guzmán, în cel mai nou film al lui, numeşte "secolele de impunitate acumulate în Chile".
Premiat pentru scenariu la ediţia 2015 a Festivalului de la Berlin, El botón de nácar / Secretul nasturelui de sidef e o continuare la Nostalgia luminii / Nostalgia de la luz. Dacă filmul din 2010 era plasat în extremitatea nordică a ţării, noul film e plasat în extremitatea ei sudică - în Patagonia; şi dacă deşertul constituia punctul de plecare al meditaţiei din 2010 a lui Guzmán, noul lui punct de plecare e apa. (A fost anunţat şi un al treilea film, despre Anzi.) Tot o combinaţie de interviuri, imagini de arhivă, voice-over eseistic şi maiestuoase imagini cosmice şi de natură, El botón de nácar / Secretul nasturelui de sidef porneşte de la prezenţa apei în univers; vorbeşte apoi despre cum, înainte de venirea omului alb, popoarele din Patagonia trăiau în armonie cu acest element - erau "triburi de apă"; subliniază că chilienilor moderni le lipseşte această intimitate - civilizaţia lor nu este şi n-a fost una maritimă; face un ocol prin copilăria lui Guzmán, evocînd un tovarăş de joacă mort prin înec - "primul meu desaparecido"; vorbeşte despre dispariţia triburilor de indigeni din Patagonia (şi îi intervievează pe cei cîţiva supravieţuitori), fie rase de microbi aduşi de către colonişti, fie vînate de aceştia cu sălbăticie - vînătorii erau plătiţi pentru fiecare testicul de bărbat, sîn de femeie şi ureche de copil pe care le aduceau; şi, în fine, ajunge la crimele lui Pinochet, la lagărele lui de concentrare - printre care cel de pe insula Dawson, unde fuseseră concentraţi şi indigenii în secolul trecut - şi la cele 1.200-1.400 de trupuri aruncate în ocean.
Amintind de tehnica literară a unui W. G. Sebald, Guzmán focalizează pe elementul de legătură asigurat de un simplu nasture: nasturele în schimbul căruia fusese luat şi dus un indigen ("Jemmy Button" îi rămăsese numele), în 1830, la bordul vasului "HMS Beagle" (cu care avea să călătorească şi Darwin cîţiva ani mai tîrziu), vas care le deschisese drumul spre Patagonia coloniştilor, misionarilor, microbilor şi vînătorilor de indigeni; şi nasturele găsit încastrat într-o şină pescuită din ocean în zilele noastre - una dintre şinele de care erau legate trupurile de desaparecidos, ca să se ducă la fund. Dacă analogiile şi reveriile lui Guzmán devin ocazional prea aburoase şi preţioase - fantezii cu exoduri pe alte planete, lovitura de stat a lui Pinochet coincizînd cu explozia unei supernove -, misiunea de a inventaria şi reconstitui crimele dictatorului îl readuce mereu pe eseist la concret.